Merihistoriallisen museon tehtävänä on kerätä ja kasvattaa tietämystä kulttuuriympäristöistä veden äärellä, esimerkiksi satamista, telakoista ja majakoista. Tämä tapahtuu yhteistyössä yhdistysten, viranomaisten, museoiden, yliopistojen ja korkeakoulujen kanssa. Kutsumme kiinnostuneita erilaisiin kokouksiin ja foorumeihin, toimimme tukena ja asiantuntijoina, annamme lausuntoja ja teemme meriympäristöarvioita.

Museo pyrkii myös eri tavoin kannustamaan ja tukemaan kulttuurihistoriallisesti kiinnostavien laivojen ja veneiden säilyttämistä. Tämä tapahtuu muun muassa kulttuurihistoriallisesti merkittävien laivojen ja vapaa-ajan veneiden k-merkinnän avulla. K-merkintähakemuksen tekee omistaja. Museo myöntää myös taloudellista avustusta historiallisesti arvokkaille laivoille, ns. laivatukea. Avustusta voivat hakea laivanomistajat, joiden laivalle Merihistoriallinen museo on myöntänyt k-merkinnän tai joiden laivalla on mahdollisuus saada k-merkintä.