Sedan 2003 bedriver Sjöhistoriska museets arkeologer ett forskningsprojekt för att ta reda på hur hamnen en gång har sett ut och fungerat.

Hösten 2007 grävdes ett litet schakt vid den vikingatida strandlinjen. På grund av landhöjningen ligger den idag en bit upp på land. Under utgrävningen hittades ett vikingatida költimmer och ett stort antal välbevarade föremål. Den största delen av arbetet har varit att mäta in de hundratals timmerstockar och pålar som ligger huller om buller på sjöbotten i den gamla hamnen, ett omfattande arbete.

Sommaren 2010 samarbetade Sjöhistoriska museet med Södertörns Högskola, Strömma Kanalbolaget och Historiska museet i Vikingasommar. Besökare i Birka erbjuds att ta del av och uppleva de arkeologiska undersökningarna vid Birkas hamn.