Esinekokoelmat
Merihistoriallinen museo omistaa laajan esinekokoelman, joka kertoo siviili- ja sotilasmerenkulun historiasta. Kokoelmassa on alkuperäisiä veneitä, malleja, laivojen kalusteita, taidetta, aseita, työkaluja, navigointilaitteita, lippuja ja paljon muuta. Kokoelmissa on yhteensä noin 100 000 esinettä, joiden joukossa on yli 1 500 alusten mallia. Kokoelmaa täydennetään jatkuvasti uusilla esineillä.
Piirros- ja asiakirja-arkisto
Merihistoriallisen museon arkistossa on useimpien merihistoriallisten jaksojen asiakirjoja. Kokoelmien joukosta voidaan erityisesti mainita 1700-luvulla kansainvälisesti tunnetun laivanrakentajan Fredrik Henrik af Chapmanin arkisto.
Piirrosten joukossa on ruotsalaisten huviveneiden rakentajien laajoja piirroskokoelmia, joiden pääpaino on 1900-luvun ensimmäisellä puoliskolla. Esimerkkinä mainittakoon C. G: Pettersson. Mukana on myös materiaalia useista ruotsalaisista telakoista, henkilökohtaisista arkistoista, kirjeistä ja päiväkirjoista, yhdistysten arkistoista ja paljon muuta.
Valokuva-arkisto
Merihistoriallisen museon kokoelmaan kuuluu yli 300 000 valokuvaa. Osa näistä on omaa dokumentaatiota, mutta suurin osa on hankittu kokoelmista ja arkistoista. Kuvista yli 110 000 on rekisteröity ja niitä voi etsiä.
Laiva-aihe on yleisin, mutta mukana on myös paljon kuvia huviveneistä, miehistöistä, ympäristöstä ja esineistä. Lisäksi on dokumentointikuvia ja filmimateriaalia.
Kirjasto
Merihistoriallisen museon kirjasto on erikoiskirjasto, jossa on lähes kaikkea meriaiheista kirjallisuutta. Sitä pidetään Pohjoismaiden suurimpana merenkulkuun liittyvänä kirjastona. Kirjastossa on kirjoja mm. merenkulun ja merisotien historiasta, merimiehistä ja laivoista taiteessa, keulakuvista ja meriarkeologiasta, laivojen ja veneiden rakentamisesta, navigoinnista, majakoista, kanaaleista ja telakoista. Lisäksi kirjastosta löytyy laiva-aiheisia aikakauslehtiä ja laivaluetteloita, kuten Lloydin laivaluettelo ja ruotsalainen laivaluettelo.
Ruotsin meriarkeologinen arkisto
Ruotsin merihistorialliset museot ovat 1960-luvulta lähtien keränneet tietoa hylyistä, alusten haaksirikoista ja muista vedenalaisista jäänteistä. Tieto on kerätty Ruotsin meriarkeologiseen arkistoon (Svenskt Marinarkeologiskt Arkiv, SMA). Arkisto koostuu erilaisista rekistereistä, joissa on yhteensä noin 15 000 haaksirikkoutuneen aluksen ja hylyn tiedot.