Sjöhistoriska museet ingår tillsammans med Marinmuseum, Vasamuseet, Vrak – Museum of Wrecks och Järnvägsmuseet i Statens maritima och transporthistoriska museer. Mats Djurberg är museichef för Sjöhistoriska.
Museet verkar inom myndighetens uppdrag att samla, vårda och ställa ut material om handelssjöfart, skeppsbyggeri och sjöförsvar.
Det sker genom att i en mångfald former levandegöra vårt sjöhistoriska arv och sprida kunskap om maritim historia, bland annat genom utställningar och undervisning och insamling av maritimhistoriskt värdefulla föremål.
I museet visas fartygsinteriörer, navigationsinstrument, vapen, galjonsfigurer, sjömansarbeten och konst. Originalkajutan och den solkrönta akterspegeln från skonerten Amphion finns bevarade. Amphion var Gustav III:s chefsfartyg under kriget mot Ryssland 1788-90.
